बेपत्ता पारिएका व्यक्तिको छानविन आयोगको कार्य पद्धति आन्तरिक व्यवस्थापन, उजूरीको आह्वान, प्रमाणहरुको संकलन, आवश्यकतानुसार पीडितको परिवारको डि.एन.ए. संकलन एवं पीडितको शरीर गाडिएको ठाँउ वा चिहानको पहिचान, उत्खनन् तथा सिफारिस एवं सुझाव तथ्य एवं कानूनको बिश्लेषण आदि चरणहरुमा आवश्यकता अनुसार अघि बढाइनेछ ।आन्तरिक व्यवस्थापन अन्र्तगत नियम एवं कार्यविधिहरुको निर्माण, कार्यालय सामग्रीहरुको व्यवस्थापन, आवश्यक कर्मचारीको आपूर्ती, प्रारम्भिक तथ्यांकहरुको संकलन तथा सन्दर्भ सामग्रीहरुको अध्ययन गरिने छ ।
यसैैगरी उजूरीको आव्हान अन्तर्गत बेपत्ता पारिएका व्यक्तिको छानविन गर्ने कामको लागि आयोगले पीडित वा निजको तर्फबाट उजूरी माग गर्ने, त्यस्तो सूचनामा उजूरी दिने अवधि र स्थान समेत उल्लेख गरी टेलिभिजन, रेडियो, पत्र पत्रिका लगायतका संचार माध्यमबाट प्रचार प्रसार गरिनेछ । उजूरी दिन चाहने व्यक्ति आफैं वा निजको तर्फबाट कसैले आयोगमा उपस्थित भई वा हुलाक वा इमेल वा अन्य विद्युतिय माध्यमबाट समेत उजूरी दिन पाउने व्यबस्था गरिने छ । बेपत्ता पारिएका व्यक्तिका सम्बन्धमा कुनै श्रोतबाट आयोगलाई प्राप्त भएका जानकारी समेतलाई उजूरीको रुपमा लिन सक्ने तथा कसैले मौखिक रुपमा उजूरी दिन चाहेमा आयोगले उजूरीकर्ताले भनेको कुराहरु लिपिबद्ध गरिदिने समेतको व्यबस्था गरिनेछ । यसरी उजूरी दिने व्यक्तिलाई सो को निस्सा समेत उपलब्ध गराइने छ ।
उजूरी लिनको लागि प्रत्येक जिल्लाका जिल्ला प्रशासन कार्यालय वा जिल्ला विकास समिति वा जिल्ला स्थित स्थानीय शान्ति समितिमा एक उजूरी कक्ष राखिने छ । उजूरी दर्ता गर्ने काममा संलग्न कर्मचारीहरुलाई सम्भव भएसम्म आयोगले उजूरी आव्हान गर्नुभन्दा पहिले नै सूचना संकलन तथा अनुसूची फाराम भर्नको लागि अभिमुखिकरण तालीम दिइने छ । उजूरी दिन तोकिएको म्याद सकिएमा आयोगले थप गरिदिएको म्यादभित्र उजूरी दिन सक्नेछन् तर आयोगको दुइवर्षे कार्यकाल पूरा हुन बांकी रहेको छ महिनाभित्र पर्ने गरी उजूरी दिने म्याद थपिने छैन ।
उजूरी दिने क्रममा बालबालिका, जेष्ठ नागरिक, अपांग तथा यौनजन्य हिंसामा परेका व्यक्तिलाई सहजता प्रदान गर्न नजिकको सरकारी कार्यालय वा नेपाल सरकारबाट गठन भएको कुनै निकाय मार्फत उजूरी दिन पाउने व्यबस्था मिलाइनेछ । आयोगले उपलव्ध गराएको टेलिफोन नं. मार्फत सिधै सम्पर्क गर्न सक्ने, स्थानीय निकाय मार्फत उजूरी दिन पाउने व्यबस्था मिलाउनुको साथै उजूरी दिन बेग्लै कक्षको व्यबस्था पनि गरिनेछ । यस्ता व्यक्तिलाई सामान्य अवस्थाका व्यक्तिहरुले पाउने स्थान बाहेक अन्य स्थान पनि तोक्न सकिनेछ । आयोगको काम कारवाही बारे सरोकारवालाहरुलाई जानकारी गराउन आवश्यकता अनुसार जिल्ला÷गा.वि.स.हरुमा सचेतना कार्यक्रम समेत गराइने छ । यस्ता सचेतनाका कार्यक्रमहरु टेलिभिजन र रेडियो मार्फत पनि संचालन गरिनेछ । जटील विषयमा आयोगका पदाधिकारीहरु समेत सार्वजनिक सुनुवाईको क्रममा संलग्न हुनेछन् । छानविनको क्रममा प्रचलित कानून बमोजिम अदालतलाई भए सरहको अधिकार प्रयोग गरिनेछ ।
आरोपित ब्यक्तिको बयान (श्रव्य दृश्य) रेर्कड गर्न, पीडित परिवार तथा सम्भावित चिहानको बारेमा डकुमेन्ट्री चलचित्र निर्माण गर्न, उत्खनन् प्रक्रियाको अभिलेख र सुरक्षा व्यवस्था तथा यस्तै अन्य कार्यहरु भिडियो कन्फरेन्स गर्नका लागि विद्युतीय श्रव्य दृश्य प्रविधि अपनाइनेछ । श्रव्य दृश्य प्रविधिले गोप्यता कायम राख्न र पीडित तथा साक्षीहरुको सुरक्षा खतरालाई कम गर्न सहयोग गर्नेछ । छानविनको क्रममा आवश्यकतानुसार श्रव्य दृश्य सम्वन्धी साम्रगीहरु तथा विशेषज्ञहरुको समेत सेवा लिइनेछ । आयोगले छानविन गरेको विषयमा सत्य तथ्य पत्ता लगाउने कार्यमा आयोग वा अनुसन्धान अधिकारीलाई सहयोग पु¥याउने व्यक्ति संगठन निकाय वा संस्थालाई पुरस्कृत गरिनेछ ।
छानविनको सिलसिलामा आवश्यक परे सम्भावित चिहानको उत्खनन् समेत गरिनेछ । यसका लागि स्थलगत निरीक्षण शुरु गर्नु पूर्व दक्ष प्राविधिकहरु सहितको साधन सम्पन्न विधिविज्ञान प्रयोगशालाको सहयोग लिइनेछ । त्यसरी स्थलगत निरीक्षणमा जाने समूहमा आवश्यकतानुसार पोष्टमार्टम चिकित्सक, पुरातत्वविद, मानवशास्त्री, प्याथोलोजिष्ट तथा अन्य सम्वन्धित विशेषज्ञहरु समावेश हुनेछन् ।
उत्खनन् गर्नु पूर्व संभव भएसम्म प्रत्येक पीडितका परिवारका सदस्यहरुको डि.एन.ए.संकलन गरी डि.एन.ए. बैक स्थापना गरिने छ । सम्भावित चिहानको पहिचान गर्न networking tracking methods अथवा snowball techniques अवलम्वन गरिने छ । उत्खनन्का क्रममा पाइएका अवशेष वा प्राप्त डि.एन.ए. लाई तथ्यांक बैकमा रहेको नमूनासँग भिडाइनेछ । उत्खनन्को अवशेषबाट डि.एन.ए. निकाल्ने कार्य सम्पन्न भइसकेपछि सो अवशेष सम्बन्धित पीडितका परिवारलाई अन्तिम संस्कारलागि हस्तान्तरण गरिने छ ।